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El objetivo del presente estudio fue de evaluar la influencia de la conservación de bosques en la diversidad y composición florística en Madre de Dios (Perú). Analizamos 53 transectos Gentry en bosques protegidos y no protegidos. Todos los individuos con un DAP≥ 2, 5 cm fueron registrados y se calculó los atributos florísticos de riqueza de especies, géneros, familias y diversidad. El ANOVA fue utilizado para la comparación de atributos florísticos y se utilizaron técnicas multivariadas para evaluar y representar la similitud florística. Un total de 915 especies fueron registradas, representadas en 11404 individuos, 329 géneros y 90 familias. La riqueza de especies encontradas en el presente estudio es inferior a otros estudios en la Amazonía Peruana. En los bosques protegidos la abundancia fue significativamente superior a los bosques no protegidos. En los bosques de terraza alta se encontraron una mayor riqueza y diversidad de especies que en los de terraza inundable. Interesantemente, no encontramos diferencias significativas en la riqueza y diversidad de especies entre los bosques de terraza alta protegidos y no protegidos (ANOVA, P< 0, 05), pero si encontramos diferencias significativas en la composición florística entre estos dos tipos de bosques (PERMANOVA, P< 0,001). Estimamos que en Madre de Dios existen 1430±130 especies de árboles> 2, 5cm DAP.